Обим основних академских студија теологије – Богословско-пастирски програм износи 240 ЕСTS. Студије трају 8 (осам) семестара, односно 4 (четири) године.
Осим тога, одвијање наставног процеса укључује: израду семинарских радова, које студенти пишу на темељу консултација са наставницима, полагање колоквијума, индивидуалне консултације, и полагање усменог завршног испита.
Оптерећење студената, које се изражава бројем часова и ECTS бодова обухвата наставу, консултације и самосталан рад студената. Наставним програмом сваког предмета утврђени су сви облици учешћа студената у извођењу студијског програма и обавезе које студенти имају.
Предметима се додјељују бодови у зависности од оптерећења студената. Оптерећење зависи од фонда часова (предавања и вјежби) других предиспитних обавеза и потребног времена за извршавање тих обавеза и припрему завршног испита.
Настава се изводи према распореду који се утврђује на почетку сваког семестра. Састоји се од предавања и вјежби, а током наставе предметни наставници одржавају консултације са студентима.Настава у оба семестра траје по 15 седмица.
У току једне академске године студент остварује по правилу 60 бодова. Обавезе студената у погледу похађања наставе обухватају највише 25 часова предавања и вјежби седмично.
Студијски програм чине двосеместрални предмети предвиђени Наставним планом Основних академских студија, и то а) општеобавезни предмети – којима се формира општи теолошки профил и стичу знања из кључних теолошких области; б) изборни предмети, чијим савладавањем студенти стичу специјализована знања из предметних подручја за која су се опредјелили.
Студијски програм је састављен од:
1.Академско-општеобразовних предмета – чијим савладавањем студенти стичу знања из области друштвено-хуманистичких наука,
2. Теоријско-методолошких предмета из области теологије и катихетске педагогије,
3.Научно-стручних предмета који су концентрисани на ужу област теолошких наука и
4.Стручно-апликативних предмета из теолошких области, страних језика и пастирског богословља.
Студијским програмом Основних академских студија теологије Богословско-пастирског програма предвиђено је обавезно похађање наставе и полагање испита по једном изборном предмету у шестом и седмом семестру од укупно 16 по слободном опредељењу сваког студента.
Облици наставе су:
-предавања (отворена за све студенте),
-вјежбе као облик наставе који обезбјеђује продубљивање теоријских знања и стицање одговарајућих увида у тематику која се обрађује. У току семестра студент је дужан да похађа вјежбе.
-научно-истраживачки рад студената и др.
Најчешће коришћени методи наставе, који проистичу из логичко-епистемолошке природе знања која се стичу на овом профилу, јесу вербално текстуални, илустративно-демонстративни и експериментални.
На основу Статута Факултета, с обзиром на специфичности већег броја теолошких предмета, у оквиру наставе предвиђени су поред предавања и аудиторних вјежабања и остали облици извођења наставе (богослужбена, омилитичка, пасторална, катихетска и педагошка пракса)
Сваки наставник и сарадник је на располагању студентима путем индивидуалних и колективних консултација, два часа сваке недеље у терминима који су истакнути испред кабинета и објављени уз личне интернет презентације наставника и сарадника на веб сајту Факултета. Програм основних академских студија теологије Богословско-пастирског програма има за циљ да оспособи студенте за развој и примјену научних достигнућа из области теологије на пољу црквеног и друштвеног живота у циљу ангажовања свршених студената у пасторално-мисионарској и социјалној димензији дјеловања Цркве. Програм обезбјеђује стицање теоријских знања и академских способности које су нужне за компентентно вршење послова који захтјевају примјену фундаменталних и апликативних теолошких знања и способности у организовању и обављању свештеничке службе у свим њеним димензијама – литургијској, мисионарској, пастирској, катихетској и др. као и у обављању вјерске наставе у основним и средњим школама, у компетентном учествовању у раду институција културе (културни центри, архиви, библиотеке), медијских установа, државних и црквених органа и организација, као и за даље развијање професионалних компетенција. Програм обезбјеђује такве компетенције да студентима омогућава да наставе студије, не само на Богословском факултету Универзитета у Источном Сарајеву, већ и на другим богословским и сродним факултетима друштвено-хуманистичким наукама у земљи и иностранству.
У програм основних студија уграђене су дидактичке вриједности које су се искристалисале кроз вишедеценијску традицију Факултета, као и методолошке и технолошке иновације неопходне за обезбјеђивање научне и апликативне актуелности наставе и суочавање са новим изазовима. Сходно томе, сврха студијског програма је да задовољи савремене потребе теолошког образовања са циљем формирања кадрова који могу компетентно да одговоре актуелним друштвеним изазовима.