На мастер академске студије – теологије могу се уписати кандидати са завршеним основним студијама теологије у четворогодишњем трајању обима 240 ECTS у оквиру одобрене уписне квоте. Трају једну годину – два студијска семестра. Листа обавезних и изборних предмета са оквирним садржајима за сваки предмет исказана је у Студијском програму. Бодовна вриједност сваког предмета такође се исказује у Студијском програму, а укупно износи 60 ЕCTS бодова. Завршни рад вреднује се са 20 ЕCTS бодова. Након завршених студија стиче се стручни назив: мастер теологије – 300 ECTS. Поред смјера Теологија на нашем факултету студенти могу уписати и међурелигијски (заједнички) смјер – Међурелигијски студиј и изградња мира у трајању од једне године. Студенти након одбране мастер рада на овом смјеру стичу звање: Мастер међурелигијских студија и изградње мира – 300 ECTS.
Осим тога, одвијање наставног процеса укључује: израду семинарских радова, које студенти пишу на темељу консултација са наставницима, полагање колоквијума, индивидуалне консултације, и полагање усменог завршног испита.
Оптерећење студената, које се изражава бројем часова и ECTS бодова обухвата наставу, консултације и самосталан рад студената. Наставним програмом сваког предмета утврђени су сви облици учешћа студената у извођењу студијског програма и обавезе које студенти имају.
Предметима се додјељују бодови у зависности од оптерећења студената. Оптерећење зависи од фонда часова (предавања и вјежби) других предиспитних обавеза и потребног времена за извршавање тих обавеза и припрему завршног испита.
Настава се изводи према распореду који се утврђује на почетку сваког семестра. Састоји се од предавања и вјежби, а током наставе предметни наставници одржавају консултације са студентима.Настава у оба семестра траје по 15 седмица.
Студијски програм мастер академских студија теологије структруисан је на основу три смјера (библијско-систематски, богословско-историјски и литургичко-катихетски) који садрже 12 обавезних предмета и понуду изборних предмета и полагање испита по једном изборном предмету у оба семестра. Студијским програмом предвиђен је и студијски истраживачки рад – мастер, као и обавезна израда завршног рада.
Мастер академске студије теологије програма треба да оспособе студенте, на основу претходног познавања тоталитета теологије и изграђене способности самосталног просуђивања теолошких питања, доброг познавања теолошке литературе, као и основних тенденција у традиционалној и савременој теологији, за самостални научно-истраживачки рад у теологији и њеним посебним дисциплинарним подручјима. Предвиђена знања и способности омогућавају студентима теологије бављење теоријским истраживањима, одговарајућу просвјетну дјелатност у средњим, средњим стручним богословским, вишим и високим школама, пасторалну дјелатност вишег степена сложености у свим њеним димензијама – литургијској, мисионарској, социјалној, катихетској и др., дјелатност у институцијама културе и медијима, дјелатност у црквеним структурама, невладиним и другим организацијама. Мастер академске студије теологије омогућавају даље образовање на докторским студијама теологије, као и образовање у другим научним областима.