Трећи циклус, односно докторске студије, траје шест семестара, односно три године, и носи 180 ECTS бодова.
Да би кандидат уписао трећи циклус студија, потребно је да испуни услове у погледу претходно завршених нивоа студија, добије благослов за упис, опредијели се за област научног истраживања и пронађе почетног ментора, квалификованог за изабрану област и ангажованог на Православном богословском факултету „Свети Василије Острошки“.
Почетни ментор прати кандидата током прва четири семестра, након чега се, у складу са темом докторске дисертације, одређује и на Сенату Универзитета у Источном Сарајеву потврђује ментор докторске дисертације.
Студијски програм осмишљен је тако да су сви предмети изборни. Они се бирају у складу са облашћу за коју се кандидат опредијелио приликом уписа, а у договору са почетним ментором.
У сваком од прва три семестра студент бира по два предмета, за сваки од њих израђује семинарски рад који потом брани пред трочланом комисијом.
На крају четвртог семестра коначно се формулише тема докторске дисертације, која се најприје брани пред Комисијом трећег циклуса, а затим и пред Комисијом за оцјену подобности теме и кандидата, коју именује Наставно-научно вијеће Факултета. Коначну сагласност на тему и ментора даје Сенат Универзитета у Источном Сарајеву.
Пети и шести семестар намијењени су изради докторске дисертације, која се по завршетку студија брани пред за то именованом комисијом.